正確清潔器械的步是在使用后立即沖洗掉的污垢。先用冷水沖洗儀器，熱水會導致蛋白質物質凝結。如果有需要就使用酶洗滌劑將器械浸泡在涼水中。然后，可以在洗衣機或超聲波浴中手動或機械清潔器械。
首先來說一下手動清潔。如果儀器容易損壞，則需要手動清潔。手動清潔外科器械時，一定要戴上重型橡膠手套、面罩等等。如果儀器沒有按照正確的方法沖洗，就有可能會破壞不銹鋼儀器的表面并導致黑色污染。
清潔過程中使用軟塑料清潔刷擦洗儀器。不要使用鋼絲絨，鋼絲刷或其他可能劃傷漆面或使儀器變鈍的研磨材料。擦洗時，請將儀器放在水面以下，以免濺出污染物。務必刷掉縫隙，牙齒和凹槽。在流水下*沖洗每個儀器。之后用肉眼檢查器械，確保它們沒有污漬和組織。檢查每臺儀器的功能和狀況是否正常。
下面就來說一下機械清潔。超聲波清洗是有效的機械清洗方法。當聲波通過介質振動時，它們會產生微小的氣泡，隨著裝置中的壓力變化而增大。導致泡沫破滅了。即使在難以到達的地方，破裂的氣泡也能有效地清除碎屑。中性pH值的洗滌劑可提高清潔劑的效果，因為它會增加氣泡的數量。
之后就是外科器械分批處理。讓儀器自行晾干分鐘，和之前一樣，使用肉眼檢查每個儀器，用軟布擦干并潤滑任何鉸鏈。
